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灭菌是保存食品的首要环节。在新气调食品的加工工艺流程中，对食品原材料进行预处理时，结合调味烹饪，同时进行减菌化处理。减菌化处理与多阶段升温的温和式灭菌相互配合，在较低的F值（一般为4以下）条件下灭菌，即可达到商业上的无菌要求，从而较大限度地保留食品的色、香、味。表2列举了多种新气调食品灭菌时的F值及在37℃的条件下保温14天后的细菌检查结果。
隔氧是保存食品的重要条件。新气调食品使用高阻隔性的透明包装材料。经调理灭菌处理之后，在常温避光的条件下存放120天，检查食品的色泽、质地、风味，结果如表3所示。我们可以比较合理地制定一个货架期。根据日本的食品卫生法规定，灭菌后在37℃的条件下保温48个小时，每克食品内的细菌数不得超过300个。新气调食品因已达到商业上的无菌状态，单纯从灭菌的角度考虑，可在常温下保存一年。但是，货架期还受包装材料的透氧率、包装时气体置换率和食品含水率变化的限制。如果包装材料在120℃的条件下加热20分钟后，透氧率不高于2-3 cc/24 hr.·m2、使用的氮气纯度为百分之99.9以上、气体置换率达到百分之95以上时,尝味期可以达到六个月。
